有机的颜料和无机的颜料两者之间的区别基于三个主要因素，这三个主要因素给出如下：
  
颜料的分子结构：碳链或碳环总是存在于有机颜料的分子中，由于碳元素与同一类原子表中的氮元素和硫元素有关，所以有时在有机颜料的分子中，氮原子和硫原子也与碳原子一起被发现，例如：偶氮，酞菁，重氮和蒽醌颜料。
  
在无机颜料的分子中，金属的阳离子与非金属阴离子呈阵列形式存在。这种排列不允许这些颜料溶解在溶剂和塑料中。例如：氧化铁黄色，黑色，红色和棕褐色颜料。
  
来源于它们的来源：有机颜料的主要来源是植物和植物产品，无机颜料由局部化妆品和污垢制成。